分子生物医学科研m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。利用高通量测序手段验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C广泛存在,但是在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性报道。北京生物公司率先开展m5C RNA甲基化测序服务,采用经典重亚硫酸盐处理的方式进行测序。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。
(m5C)RNA甲基化测序流程
m5C)RNA甲基化测序产品
优势:
一站式服务
客户只需提供组织、细胞、体液样品或RNA,为您完成m5C RNA-Seq全套实验服务。
严格的质控
对m5C RNA-Seq实验每一步骤均设有关键质控,保证客户得到优质数据。
专业的生物信息学分析
拥有专业的生物信息分析团队,帮助客户进行实验数据的全面挖掘。
样本要求:
样品类型
细胞、新鲜组织或RNA样品。其它类型样品请详询。
样品量
a)细胞:2×107
b)组织:100 mg
c)总RNA:4μgOD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5(无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 )
样品运输与保存
样品运输:样品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰运输。
样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。
数据分析:
1、识别RNA甲基化位点
通过高通量测序和生物信息分析,识别甲基化富集的基因组区域
2、RNA甲基化位点的注释
富集峰识别后,得到的是一堆基因组位置信息,通过生物信息分析利用最邻近基因对富集峰进行注释,并根据峰中点相对于已知基因的位置,将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰
3、RNA甲基化位点在基因组中的分布
根据注释信息,绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图
4、RNA甲基化位点Motif分析
RNA 上甲基化的位点,可能包含某种序列 motif。 RNA 甲基化酶可能正是通过识别这些 motif特异性进行甲基化修饰,从而完成转录后调控功能。我们成功识别了全基因组的 RNA 上的甲基化位点后,获取序列就能使用生物信息学的手段来搜索这些 motif,从而揭示 RNA甲基化修饰的机制
5、差异RNA甲基化位点的识别与注释
使用meRanCompare软件识别两个/组样品间的差异甲基化位点,以FDR<0.01作为阈值,具体的以测序报告为准。 识别样本间的差异甲基化区,发现与特定表型或疾病相关的甲基化区域
6、差异RNA甲基化位点的GO Gene Ontology与信号通路分析
对差异甲基化基因进行功能分类,并发现显著性富集的功能条目
案例分析:
案例1 Cell Research:m5C RNA甲基化调控mRNA出核新机制
近期中科院汪海林等研究团队在Cell Research(IF:15.606)发表文章,揭示了m5C修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。研究人员建立了改进的RNA m5C单碱基分辨率高通量测序与生物信息分析技术,以此揭示mRNA m5C的分布规律,并绘制了精细的m5C修饰图谱,发现m5C在mRNA的翻译起始位点下游有显著富集,并且主要分布于CG富集区域。通过分析对比人和小鼠不同组织,发现m5C在mRNA上的分布特征在哺乳动物中十分保守,而在不同组织中修饰的基因具有特异性。研究团队同时发现,在小鼠睾丸发育过程中,动态的m5C修饰基因显著富集于精子发育相关功能,提示m5C修饰参与生殖发育调控。
图注:mRNA中m5C的分布规律及组织特异性表达
案例2 Genome Biology:m5C RNA甲基化基因组分布图谱
Genome Biology近期刊登了解析RNA m5C在不同组织细胞的分布图谱相关文章。研究人员选取小鼠胚胎干细胞(ESC)和脑组织(n=3)作为实验样本,利用重亚硫酸盐测序(RNA Bis-seq)技术对两组样本中的总RNA和胞核RNA进行检测。结果表明,ESC中总RNA 5mC的分布频率比脑组织的分布频率更高。研究人员将m5C位点和不同的基因组区域(CDS, 5’-UTR, 3’-UTR等)进行了关联分析。结果表明,总RNA中m5C位点更倾向于分布在转录起始位点。脑组织和ESC中,3’-UTR区m5C的分布区别很大,这暗示着3’-UTR区的RNA m5C修饰可能与细胞功能和细胞类型密切相关。
北京医学公司专业提供优质硕士课题/博士课题/分子生物医学科研课题项目整体实验外包实验代做技术服务价格报价、型号、品牌等供应信息介绍,致力为您提供优质专业提供硕士课题/博士课题/分子生物医学科研课题项目整体实验外包实验代做公司厂商信息。集生物化学、基础医学、药理学研究为一体的学术研究服务机构,至善(北京)健康医学研究院专注于生命科学研究领域,紧跟国际研究最新动态,旨在为国内外研究机构提供稳定可靠的专业提供硕士课题/博士课题/分子生物医学科研课题项目整体实验外包实验代做技术服务。一流研究管理团队是整体生物医学科研课题实验项目外包实验代做技术服务以及高水平学术顾问团队是公司至始至终的核心竞争力。目前提供整体生物医学科研课题实验项目外包实验代做技术服务研究领域涵盖肿瘤、心脑血管系统、呼吸系统、消化系统、泌尿系统、生殖系 统、内分泌系统、血液系统、免疫系统、神经(精神)系统相关领域的药理学、基础医学研究、分子生物学。
可提供整体生物医学科研课题实验项目外包实验代做技术服务内容:
+ 分子生物学整体课题实验外包代做服务
+ 细胞生物学整体课题实验外包代做服务
+ 病理学整体课题动物实验外包代做服务
+ 病毒学整体课题动物实验外包代做服务
+ 蛋白质与多肽整体课题实验外包代做服务
+ 各类芯片整体课题实验外包代做服务
+ 文库构建整体课题实验外包代做服务
+ SNP及基因检测(基因扫描)整体课题实验外包代做服务
+ 科研项目横向合作整体课题实验外包代做服务
+ 转基因动物模型建立构建制备技术服务
+ 基因敲除(敲入)/模型制备服务整体课题实验外包代做服务
+ 原代培养整体课题实验外包代做服务
+ 生物医学动物整体课题实验外包代做服务
+ SCI文章服务
+ Talen/Cas9
+ MicroRN、lnc RNA、cirRNA系列研究
+ 课题、生物医学动物实验项目整体外包
+ 临床医生全程式科研服务
+ 实验指导
+ 国自然基金课题申请
实验外包项目名称 | 实验外包分项名称 |
包埋、制片(前处理)实验外包技术服务 | 组织石蜡包埋实验外包服务 |
细胞石蜡包埋实验外包服务 | |
组织芯片蜡块制作实验外包服务 | |
石蜡切片实验外包服务 | |
组织芯片切片实验外包服务 | |
冰冻切片实验外包服务 | |
骨组织脱钙实验外包服务 | |
植物标本软化实验外包服务 | |
染色实验外包技术服务 | HE染色实验外包服务 |
番红-固绿染色(植物)实验外包服务 | |
番红-固绿染色(骨)实验外包服务 | |
masson染色实验外包服务 | |
天狼星红染色实验外包服务 | |
油红O染色(切片)实验外包服务 | |
油红O染色(大体)实验外包服务 | |
PAS糖原染色实验外包服务 | |
阿利新蓝染色实验外包服务 | |
AB-PAS染色实验外包服务 | |
甲苯胺蓝染色实验外包服务 | |
尼氏染色实验外包服务 | |
肥大细胞染色实验外包服务 | |
LFB髓鞘染色实验外包服务 | |
普鲁士蓝染色实验外包服务 | |
镀银染色实验外包服务 | |
PASM六胺银染色实验外包服务 | |
von kossa染色实验外包服务 | |
EVG染色实验外包服务 | |
VG染色实验外包服务 | |
间苯二酚碱性品红染色 | |
间苯三酚染色实验外包服务 | |
茜素红染色实验外包服务 | |
刚果红染色实验外包服务 | |
TRAP染色实验外包服务 | |
碱性磷酸酶染色实验外包服务 | |
抗酸染色实验外包服务 | |
富尔根染色实验外包服务 | |
TTC染色实验外包服务 | |
电镜 | 透射电镜实验外包服务 |
扫描电镜实验外包服务 | |
组化、荧光实验外包技术服务 | 免疫组化实验外包服务 |
免疫组化(芯片) | |
免疫荧光(单标) | |
免疫荧光(双标) | |
ISH | 原位杂交 |
探针设计合成 | |
tunel | tunel |
拍照、分析实验外包技术服务 | 组织切片拍照(白光) |
芯片拍照(白光) | |
拍照(激光共聚焦) | |
切片扫描 | |
病理分析 | |
组化分析 | |
免疫印迹实验外包技术服务 | WB(普通蛋白) |
WB(磷酸化蛋白) | |
WB(核蛋白) | |
IP | |
COIP | |
生化检测实验外包技术服务 | ELISA检测 |
普通生化检测 | |
细胞实验外包技术服务 | 细胞培养 |
MTT实验 | |
细胞周期 | |
细胞凋亡 | |
侵袭 | |
转染 | |
划痕 | |
DNA合成实验外包技术服务 | 超短链引物合成 |
短链引物合成 | |
长链引物合成 | |
全基因组合成实验外包技术服务 | 普通基因合成(<3000) |
长片段基因合成 | |
特殊片段基因合成 | |
密码子优化与基因设计实验外包技术服务 | 密码子优化与基因设计 |
质粒提取实验外包技术服务 | 普通质粒提取 |
普通质粒提取 | |
普通质粒提取 | |
超纯质粒提取 | |
超纯质粒提取 | |
超纯质粒提取 | |
无内毒素质粒提取 | |
无内毒素质粒提取 | |
无内毒素质粒提取 | |
基因检测实验外包技术服务 | 基因组DNA水平基因拷贝数检测 |
转录组mRNA水平基因拷贝数检测 | |
转录组miRNA水平基因拷贝数检测 | |
单核苷酸多肽(SNP)分型服务 | |
基因甲基化(Methylation)位点检测服务 | |
CDNA文库构建 | |
抑制性消减杂交(SSH) | |
southern blot印迹杂交实验外包技术服务 | 基因组DNA提取 |
DNA探针设计合成 | |
DIG探针标记 | |
southern blot检测 | |
重复杂交 | |
northern blot实验外包技术服务 | RNA提取 |
DNA探针设计合成 | |
DIG探针标记 | |
northern blot检测 | |
核酸提取实验外包技术服务 | RNA提取 |
DNA提取 | |
siRNA/miRNA载体构建实验外包技术服务 | shRNA表达载体构建 |
mirshRNA表达载体构建 | |
micoRNA表达载体构建 | |
miRNA抑制剂表达载体构建 |
mRNA定量PCR实验 | 样品提取+反转录 |
PCR | |
引物设计合成 | |
miRNA定量PCR实验外包技术服务 | 样品提取+反转录 |
PCR | |
引物设计合成 | |
lncRNA定量PCR实验外包技术服务 | 样品提取+反转录 |
PCR | |
引物设计合成 | |
WB实验外包技术服务 | 客户提供一抗(一抗要求鼠 兔 山羊来源,其他来源一抗需客户自备二抗和显色液) |
不提供一抗 | |
明胶酶谱实验外包技术服务 | 8个样品内 |
普通包埋(石蜡) | 经固定后的组织 |
特殊包埋实验外包技术服务 | 细胞、眼球、材料等 |
石蜡切片实验外包技术服务 | 蜡头 |
樱花包埋(冰冻) | 新鲜组织 |
冰冻切片实验外包技术服务 | 固定组织、新鲜组织 |
芯片切片实验外包技术服务 | 蜡头 |
脱钙实验外包技术服务 | 固定后的组织 |
软化实验外包技术服务 | 植物样品 |
HE染色实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
masson染色实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
油红O染色实验外包技术服务 | 冰冻切片 |
天狼猩红染色实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
PAS染色实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
AB-PAS染色实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
番红-固绿染色(植物)实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
番红-固绿染色(软骨)实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
阿利新蓝染色实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
甲苯胺蓝染色实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
LFB染色实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
普鲁士蓝染色 | 石蜡切片 |
TRAP染色 | 石蜡切片 |
VG染色 | 石蜡切片 |
EVG染色实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
EVG染色实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
von kossa实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
茜素红实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
尼氏染色实验外包技术服务 | 石蜡切片 |
TTC染色实验外包技术服务 | 新鲜组织块 |
免疫组化-实验染色实验外包技术服务 | 切片、爬片 |
抗体使用费 | |
免疫组化(芯片)-实验外包技术服务 | 切片 |
免疫荧光(单标)-实验外包技术服务 | 切片、爬片 |
免疫荧光(双标)-实验外包技术服务 | 切片、爬片 |
Tunel--实验实验外包技术服务 | 切片、滴片 |
Tunel试剂 | |
采图 | |
白光拍照实验外包技术服务 | 染好的片子 |
天狼星红偏振光拍照实验外包技术服务 | 染好的片子 |
荧光拍照(单标)实验外包技术服务 | 免疫荧光(单标)片子 |
荧光拍照(双标)实验外包技术服务 | 免疫荧光(双标)片子 |
共聚焦拍照实验外包技术服务 | 免疫荧光片子 |
细胞培养实验外包技术服务 |
|
细胞加药实验外包技术服务 |
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细胞转染实验外包技术服务 | 普通转染 |
病毒转染 | |
MTT细胞增殖实验外包技术服务 | 96孔内 |
细胞划痕实验外包技术服务 | 6孔板 |
Transwell迁移实验外包技术服务 | |
Transwell侵袭实验外包技术服务 | |
原代细胞分离制备培养实验外包技术服务 | |
细胞爬片制备实验外包技术服务 | |
各种生化指标检测 | |
全自动生化仪 | |
病理阅片服务实验外包技术服务 | 由医师签名出具病理检测报告 |
酵母双杂交文库构建实验外包技术服务 | |
抑制性差减杂交(SSH)文库 | |
全基因合成实验外包技术服务 | |
流式检测细胞周期 | 客户提供制备好的细胞 |
流式检测细胞凋亡 | 客户提供制备好的细胞 |
其它流式检测价格 | (单色检测) ≤30份样本,/样本 |
(单色检测) >30份样本,/样本 | |
(双色检测) ≤30份样本,/样本 | |
(双色检测) >30份样本,/样本 | |
(三色检测) ≤30份样本,/样本 | |
(三色检测) >30份样本,/样本 | |
(四色检测) ≤30份样本,/样本 | |
(四色检测) >30份样本,/样本 | |
流式样本处理实验外包技术服务 | 组织处理成单细胞悬液,/样 |
贴壁细胞消化,不含胰酶,/样 | |
细胞检测前期乙醇固定细胞 | |
流式细胞检测开机费 | |
病毒包装实验外包技术服务 | 过表达慢病毒 |
干扰慢病毒 | |
过表达腺病毒 | |
干扰腺病毒 | |
过表达腺相关病毒 | |
干扰腺相关病毒 | |
过表达逆转录病毒 | |
干扰逆转录病毒 | |
病毒模板实验外包技术服务 | 过表达模板 |
干扰模板 |
包毒+稳定株筛选实验外包技术服务 |
fish(荧光原位杂交) |
RACE |
Northen blot |
Southen blot |
甲基化检测 |
菌种鉴定 |
菌群鉴定 |
IP |
CHIP(染色质共沉淀) |
荧光素酶报告基因 |
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